بدأ الشهيد شمران نشاطه في ايران على خطين : الأول ايجاد مقاومة شعبية لأنه كان متأكداً ان الأعداء
لن يتركوا ابناء الثورة ليرتاحوا ، فبدأ في ارساء اسس الحرس الثوري من خلال خبراته التنظيمية
في لبنان خلال مراحل تأسيس حركة أمل .
اما الخط الثاني فهو العمل للمحافظة على القضية اللبنانية ، خصوصاً وانه كان هناك اناس مندسّون لمنع فهم القضية اللبنانية في ايران ، وبدأ الدكتور شمران يشرح مسألة المحرومين في الجنوب في كافة الوسائل المتاحة للمسؤولين الايرانيين ، وايضاً عن طريق إلقاء المحاضرات في الجموع في مختلف المناطق الايرانية ، وفي خلال احدى محاضراته قال:
"انا اتيت من ارض الحرمان والنضال والدم في الجنوب" .
كان همه الدائم جنوب لبنان وما يعانيه اهله وكان ينطلق على اساس انه لا يمكن ان نكتفي بتدريب الإنسان عسكرياً فقط ، بل يجب ان يتزامن التدريب العسكري مع الإعداد العقائدي ، لذلك عندما أسس الحرس الثوري بدأ بهذا الأسلوب الذي كان يتبعه في لبنان ابان مساهمته في تأسيس حركة المحرومين .
خلال وجوده في ايران عين الدكتور شمران مساعداً لرئيس الوزراء ، ومن خلال هذا الموقع بدأ بمواجهة اشد الفتن خطورة ، خصوصاً تلك التي حاول أعداء الثورة خلقها عن طريق إثارة العرقيات في أنحاء ايران لمحاربة الثورة الفتية من خلال الأحزاب اليسارية واليمنية . وقد كانت كل القوى الموالية للشرق والغرب تشارك في هذه المؤامرات من خلال تقديم السلاح للأحزاب الموالية لها والدفع باتجاه إعلان دولة كردستان المستقلة والإنطلاق ضد الثورة الإسلامية في جميع انحاء ايران فكان لا بد للشهيد شمران ان يعمل على وضع حد لهذه الفتن .
انتقل الدكتور شمران إلى كردستان وهي محاصرة من قبل عشرة الاف مسلح واثناء وجوده في المدينة الى جانب
عدد قليل جداً من العسكريين بدأ الضغط العسكري والتمويني عليهم من قبل المتمردين وجرى الاتصال
بسماحة الإمام الخميني (قده) الذي اعطى الاوامر إلى الجيش بفك الطوق عن بافية خلال 24 ساعة
ومن ثم تحرير كردستان.
وهنا حصلت معجزة ، فعندما سمع الدكتور شمران بيان الإمام الخميني(قده) انتقل مع العدد القليل من المجاهدين إلى الهجوم واستطاع ان يكسر الطوق عن المدينة وتحريرها إلى جانب عدد من المدن المجاورة .
بعد ذلك عينه الإمام الخميني (قده) ممثلاً خاصاً له في مجلس الدفاع الاعلى إلى جانب اية الله السيد علي الخامنئي (حفظه الله) وهذا المجلس اعلى سلطة في ايران.